《方舟一号》第三季承接前两季的生存主线：Ark One 的幸存者们在建立起 Homebase 1 后，仍然面临新的危机。Captain Sharon Garnet 带领一部分队员再次出发，前往太空寻找仍然失联的地球幸存者；留在基地的人则继续扩建殖民地，却意外发现这颗新星球并不如表面安全。随着救援行动、资源短缺、新敌人和殖民地内部的权力冲突接连出现，船员们必须在更复杂的环境中维持秩序，并揭开这片土地隐藏的秘密。
