《百年孤独》第二季继续讲述布恩迪亚家族在马孔多的命运走向终局。内战停息后，和平并未真正降临，保守派的阴谋、家族内部的婚姻与新一代的成长交织在一起。费尔南达·德尔·卡皮奥到来后，马孔多的秩序进一步改变；同时，铁路通进小镇，香蕉公司进入，外部世界的资本与现代化开始重塑这个封闭之地。随着家族成员一代代更替，爱情、战争、欲望、孤独与宿命不断重演，马孔多也一步步走向衰落与毁灭。
