《异能研究所》第二季承接首季结局：卢克与拥有特殊能力的孩子们逃离丹尼森设施，却没有真正摆脱危险。在前警察蒂姆与温迪的帮助下，他们一边躲避追捕，一边寻找彻底摧毁研究院的方法。然而，这个以儿童为实验对象的秘密组织仍有庞大网络，其幕后负责人更招揽科技亿万富翁诺兰·里夫斯，企图重建势力。昔日主管西格斯比沦为逃犯后，也试图重新进入组织核心。随着调查深入，卢克发现阴谋远比想象复杂，孩子们必须从逃亡转向反击，在揭露罪行与保护彼此之间作出艰难抉择。
